Sistema Costa Norte: Sua água vem do Aquífero dos Ingleses. O Tratamento de água é mais simples na estação de tratamento de água do que nos outros 2 sistemas.
Sistema Costa Leste/Sul: Sua água vem da Lagoa do Peri e do Aquífero do Campeche. Na Lagoa do Peri tem muitas cianobactérias, que produzem substâncias tóxicas e por isso é necessário um controle dessas bactérias.
Sistema integrado de abastecimento de água da Grande Florianópolis: Esse sistema abastecem os bairros Estreito, Centro de Florianópolis e também os municípios de São José e Biguaçu. A estação de tratamento de água não possui decantadores. Sua água vem de diferentes fontes.
1° - Rio Cubatão do Sul: Mata ciliar destruída e sofre muito com a poluição através de agrotóxico e pesticidas (agricultura), esgoto doméstico e de pequenas industrias.
2° - Rio Vargem do Braço (Pilões): Possui sua mata ciliar preservada e sofre menos com a poluição do que o Rio Cubatão.
